Tidligere har det vakt oppstand at Nærings- og fiskeridepartementet har vært overrepresentert på Fiskebåts årsmøter, og underrepresentert på moderorganisasjonen Norges Fiskarlags landsmøter i Trondheim. I år stiller departementet med 12, Utenriksdepartementet med tre og Fiskeridirektoratet med 12. Her er dessuten fire forskere, åtte advokater og rundt 20-25 fra det marintekniske næringslivet.

Fiskebåts egne medlemmer er i mindretall på årsmøtet. De teller 161.