Barentshavet huser rundt 16 millioner sjøfugl, også disse dominert av noen få arter. Barentshavet er svært produktivt til å være så langt nord.

Den varme perioden vi nå er inne i gir fortsatt grunnlag for sterke bestander av viktige fiskeslag som torsk, hyse og lodde. Lite is gir store arealer for produksjon i havet og bunnlevende fisk og dyr har gode forhold for overleving. Det er likevel noe usikkerhet om mengden mat i havet er stor nok til å fore de store bestandene og opprettholde det gode fisket. Sjøfugl har ikke nok mat, ungsild og kolmule er ikke til stede i Barentshavet og sel påvirkes av lite is, skriver Havforskningsinstituttet på sine nettsider.

Økosystemene i Barentshavet utsettes for forurensning som i hovedsak stammer fra kilder utenfor forvaltningsplanområdet som transporteres inn i området med luft- og havstrømmer. Torskelever viser relativt høye verdier av noen miljøgifter, som dioksiner, og dette viser at også Barentshavet kan være påvirket av menneskelig aktivitet. For torskefilet er det likevel lave verdier av kvikksølv, kadmium, bly og radioaktive stoffer. Generelt sett er nivåene av miljøgifter lave i forvaltningsplanområdet med unntak av noen stoffer i toppredatorer, og Barentshavet er for tiden et reint og rikt hav med god sjømattrygghet.

Torsken er viktig i økosystemet. Den ernærer seg av et bredt spekter byttedyr og kan skifte føde alt etter kvalitet og tilgjengelighet. Lodde er et spesielt næringsrikt og foretrukket byttedyr, og torskebestanden påvirkes av svingningene i loddebestanden. Torskebestanden har økt på 2000-tallet, og ved inngangen til 2011 er mengden voksen fisk (gytebestanden) på historisk høyt nivå. Et vellykket forvaltningssamarbeid mellom Norge og Russland, har hatt en positiv effekt sammen med temperaturøkningen de siste årene som har gjort større deler av Barentshavet tilgjengelig for torsk.